bes Так с алертом и у меня работает:)
рони $(window).load - картины не меняет.
С алертом работает.
Без алерта ячейки не красятся. Сейчас проверю Вашу функцию.

ок :)

<script type="text/javascript" src="http://code.jquery.com/jquery-1.11.1.min.js"></script>

<style>
td {
	border: solid 1px;
}
.active {
	background: green;
}
</style>

<div class="table"></div>

<script>
$(document).ready(function() {
	var str = "<table id='my_table'><tr>";
	for (var i = 1; i < 28; i++) {
		str += "<td>" + i + "</td>";
	}
	str += "<td>1</td></tr></table>";
	document.querySelector(".table").innerHTML = str;
		//alert ('Красим ячейки!');
			$('#my_table td:nth-child(28)').each(function () {
				if(this.innerHTML == '1') {
					$(this).closest("tr").addClass("active");
				}
			});
});
</script>

Как это в отпуске???
Все дело в том что ячейки добавляются с помощью JavaScript но уже после того как выполняется код который раскрашивает ячейки.

алерт просто приостанавливает выполнение скрипта и ячейки успевают появится в документе.

bes, Вы правы у Вас работает и у меня Ваш пример работает. И с алертом и без. А мой не работает. Попробую его локализовать.

а $(document).ready тогда к чему, если предположить, что он таблицу нарисовал позже скрипта и не при помощи js

так, естественно, не работает, но и ячейки раньше времени не появляются

<script type="text/javascript" src="http://code.jquery.com/jquery-1.11.1.min.js"></script>

<style>
td {
	border: solid 1px;
}
.active {
	background: green;
}
</style>

<div class="table"></div>

<script>
$(document).ready(function() {
		alert ('Красим ячейки!');
			$('#my_table td:nth-child(28)').each(function () {
				if(this.innerHTML == '1') {
					$(this).closest("tr").addClass("active");
				}
			});
	var str = "<table id='my_table'><tr>";
	for (var i = 1; i < 28; i++) {
		str += "<td>" + i + "</td>";
	}
	str += "<td>1</td></tr></table>";
	document.querySelector(".table").innerHTML = str;
});
</script>

в консоли ошибок нет?

Я думаю заменить alert на setTimeout. Я о том думаю?

bes ошибок в консоли нет

выложи на http://jsfiddle.net/ или http://learn.javascript.ru/play