Нажатие на колесико не работает
 

Есть код

$('a:not([target="_blank"]),a[href="#"]').click(function(e) {
href = this.href;
if(!href || href == '#'){
e.preventDefault();
return false;
}
else if((!e || (!e.ctrlKey && (!e.originalTarget || !e.originalTarget.keyCode))) &&
href.indexOf('#')<0 && href.indexOf('mailto:')<0 && href.indexOf('tel:')<0 && href.indexOf('callto:')<0 && href.indexOf('')<0){
e.preventDefault();
bodyUnload(function(){ window.location = href });
}

else return true;
});

Как сделать что бы при нажатии колесиком на ссылку она открывалась в новом окне?

в функции клика отслеживай какая кнопка мыши нажата, но вообще это же по умолчанию и так работает, по крайней мере в хроме точно.