Нет, не все правильно, animate может работать только со св-вами представимыми числом.
Вообще тут лучше было бы по таймеру(setInterval), но если JS не знаешь то с animate пробуй так:

animate({},	{
		    duration : 500,
		    step : function(now, obj){
                          // obj.pos - коэффициент анимации (от 0 до 1)
                          // Здесь код как подсказал Octane
                    }
                }

У меня ваш код работает. Пути проверьте и кодировки.

Уже всё перепроверил !

В 33 строчке файла color_animate.js замените && на &&.
И пути у вас как и говорил не правильно прописаны. Надо так:

<script type="text/javascript" src="js/jquery.js"></script> 
    <script type="text/javascript"  src="js/color_animate.js"></script>

Urfin, работает! Спасибо огромное вам, и всем кто принимал участие в топике!