Выбор сразу нескольких значений checked и добавление их в массив
 

Моя задача это выбрать несколько значений checked и отправить на сервер с помощью ajax. Я выбираю значения и сохраняю их в массив, проблема в том что если пользователь выбрал, например все значения, а потом передумал и отменил некоторые checked, то элементы из массива удаляются из конца.

jQuery(document).ready(function() {

				var data = new Array();
				jQuery('#submit-ajax-cat').on('click', '.sub-cat', function() {

					jQuery(this).each(function(i) {

						if (jQuery(this).is(':checked')){
							data.push(jQuery(this).val());
						}

						else if(jQuery(this).is(':not(:checked)')){
							var index = data.indexOf(this, 1);
							data.splice(index);
						}

					});

					var pr = JSON.stringify(data);
					jQuery('input[name="test"]').val(pr);

				});

			});

А зачем вы готовите массив вместо того, чтобы получать выбранное при отправлении запроса на сервер?

Потому что значения для выбора генерируются динамически, и у меня несколько родительский категорий, при выборе которой подстраиваются значения.

И что? Вы же пишите, что выбор отправляете на сервер, а значит в этот момент все сформировано/выбрано. А браузер отправляет на север только выбранные флажки/кнопки, так же поступает и JQ. То есть, в обработке события submit формы достаточно JSON.stringify(form.serializeArray()) как данные для отправления, а не через пень колоду:

var pr = JSON.stringify(data);
jQuery('input[name="test"]').val(pr);

Вы просто усложняет жизнь и себе, и браузерам с сервером.

Отправляется только первое значение из всех выбранных

Покажите html код формы, которая отправляется, либо часть ее, чтобы можно было понять. Пока можно сказать только одно - иметь массу элементов формы, которые игнорировать и впихнуть их все в один ее элемент, это нонсенс.