вопрос про jquery.
 

Вот у меня на сайте стоит меню которое работает с помощью jquery, через некотрое время решил поставить прогресс бар, но при обновлении страницы он не запускается, убираю jquery всё работает.

В том что ты скачал используется другая библиотека - prototype.
Или смотри тут или ищи прогресс бар под jQuery.