что мешает сделать что-то вроде этого?

window.onload = function(){
   document.getElementsByTagName('head')[0].innerHTML = '<script src="path/script.js" type="text/javascript"><\/script>';
};

Ritter, тут ничего сверхестественного, браузер(программа) читает всё по порядку, по байтам, если уогодно типа сверху вниз... и в каком месте документа ты ему 'скажешь' - вот тут подключаем такой-то скрипт... то с этого момента он и будет загружаться клиенту... в словах поставь его в конец нет ничего смешного - действительно, если хочешь чтобы скрипты грузились после всего html-кода страницы то соответсвенно и располагай их объявление там!
короче сделай пустой div и присвой ему id, это в самом верху... в самом конце(низу) поставь загружаться скрипт, в скрипте укажи куда выплёвывать данные (конкретно в этот див через innerHTML например) - по этому принципу работают множество различных API, но я бы советовал изначально пересмотреть свой html и на листочке нарисовать, что откуда когда и куда у тебя грузится... включай логику!

Вот, может это поможет:

http://javascript.ru/tutorial/foundation/start

Правда, и структура сайта сохранится? Хотябы думали прежде чем писать.:agree:

Можно поменять так, чтобы сохранилась.