Нет, он замкнут на новосозданную функцию.

function createCounter() {
    var i=99;
    var j='txt'
    return function(a) {
        alert(eval(a||'"none"')) //i и j нигде не упоминаются
   }
}
var fn = createCounter();
fn();
fn('i');
fn('j');

Вызывая же createCounter() второй раз вы ничего не обнуляете - это уже совершенно другая функция с своим scope.