Сохранение в javascript
 

В общем вопрос такой. У меня есть рабочая область где я создаю объекты и тп. (все на чисто JS). Также есть функция которая переводит весь документ в XML...

var xml = new draw2d.XMLSerializer_01().toXML(this.palette.workflow.getDocument());

И вот вопрос. Как мне эту информацию сохранить в файл. Ну и соответственно как загрузить этот файл назад......

В JS нет средств для работы с файлами. Вы можете отправить документ на сервер, который и сохранит его (или отдаст пользователю на скачивание).
Соответственно, чтобы прочитать файл, нужно будет запросить его (AJAX'ом, например) или использовать FileAPI, если нужно работать с файлами, выбираемыми пользователем.