розовый слоник,
я пока пришел к такому коду:

cont=document.querySelector('.code');
code=cont.innerHTML;
i=0;
getLine=function() {
x=' '
if(i<9){
x=' 0'}
return '<span>'+x+(++i)+' | </span>';
};
code = code.replace(/^\s*/, getLine).replace(/<br.*?\/?>\s*(?!\s*$)/g, function() {
return '<br />'+'<span>'+getLine()+'</span>';
});
cont.innerHTML = code;

он работает, вставляет " 01 | ", " 02 | ", " 03 | " и так далее, но можно его как-то сократить или почистить?

Он пришел к коду.. Я тебе этот код для примера написал, в IE он не будет работать.

ваый,
я его подправил, у теебя 0 не писал и в тег спан не обворачивал, а как сделать, чтобы в ие работал?

не использовать querySelector

ваый,
напиши, как именно, пожалуйста

через getElementsByClassName?

i=0;
cont=document.getElementsByClassName("code")[i];
code=cont.innerHTML;
getLine=function() {
return '<span>'+(++i)+' | </span>';
};
code = code.replace(/^\s*/, getLine).replace(/<br.*?\/?>\s*(?!\s*$)/g, function() {
return '<br />'+'<span>'+getLine()+'</span>';
});
cont.innerHTML = code;

работает

ваый,
в ие всеравно не работает

ваый,

for (var i=0;i<document.getElementsByClassName("code").length;i++){ 
cont=document.getElementsByClassName("code")[i];
code=cont.innerHTML;
y=1
getLine=function() {
x=' '
if(y<10){
x=' 0'}
return '<span>'+x+(y++)+' | </span>';
};
code = code.replace(/^\s*/, getLine).replace(/<br.*?\/?>\s*(?!\s*$)/g, function() {
return '<br />'+'<span>'+getLine()+'</span>';
});
cont.innerHTML = code;
}

до этого дошел в ие не пашет всеравно

Ну ты даешь. Как ты думаешь, почему я сказал, что с querySelector не будет работать в ие? Потому что там нету поддержки querySelector. C getElementsByClassName та же ситуация. Значит, что надо сделать? Найти функцию getElementsByClassName, которая будет срабатывать, когда нету нативной поддержки.