Вопрос по теории.
 

Почему происходит данная вещь:

var ar1 = ar2 = [];
console.log(ar1);
console.log(ar2);

ar1.push(3);
console.log(ar1);
console.log(ar2);

var ar1 = ar2 = 2;
console.log(ar1);
console.log(ar2);

ar1 = 3;
console.log(ar1);
console.log(ar2);

Результат:
[]
[]
[3]
[3]
2
2
3
2

Т.е. если мы создаем два массива, они создаются по ссылке. А переменные создаются по значению.

А где вы создаёте два массива? Массив один, две переменные ссылаются на него.

По аналогии, можно сказать, что во втором случае две переменные ссылаются на одно число.

Массивы, функции, объекты типа Date и RegExp - это всё объекты, и они работают через ссылку

А как же:
"Javascript - объектный язык. В нем все является объектами. Строки, числа, функции и массивы - все это объекты со своими методами и свойствами."

Числа, строки, ...- они тоже объекты, но работают по значению?

В нём не всё является объектами.

new Number(9);
new String('This Object');
Любой тип данных может быть объектом.

1. Из того, что он может им быть, не следует, что он им всегда является.
2. Сделайте мне из null'а объект.

function isObject(el) {
  el.someTestingProperty = arguments;
  return el.someTestingProperty == arguments
}

alert([isObject(5), isObject({}), isObject(new Number(5))])

Нет. Они — примитивы.

И вообще, я бы советовал понимать всё происходящее так:
Нет никаких передач по ссылке. Есть только передача по значению. Но объектов как значений не существует, есть только ссылки на объекты. И вот именно они (ссылки, а не объекты) передаются по значению.

Позволю себе дополнить, что:
Объект в ECMAScript — это неупорядоченное множество пар ключ-значение и определяются только типом Object