Как-то так:

var interv1= false, interv2= false;

var anim1= function() {
 if (interv2) { // если запущена анимация 2
  clearInterval(interv2); // останавливаем её
  interv2= false; // ставим "флаг состояния" анимации 2
 };
 if (!interv1) { // если анимация 1 не запущена, это нужно для 1-го раза)
  interv1= setInterval(anim1);

 /* здесь идёт весь ваш код, все ваши повторяющиеся действия */
};

var anim1= function() {// тут всё то же самое, в принципе
 if (interv1) { // если запущена анимация 1
  clearInterval(interv2); // останавливаем её
  interv2= false; // ставим "флаг состояния" анимации 1
 };
 if (!interv2) { // если анимация 2 не запущена, это нужно для 1-го раза)
  interv1= setInterval(anim2);

 /* здесь идёт весь ваш код, все ваши повторяющиеся действия */
};

ага, ход мысли понял, спасибо пошел разбираться, плюсик вам в копилку)