моя функция оптимальнее раз в 10)) можешь проверить)) у тебя столько ненужных вещей делается)

А я бы использовал indexOf:

var a = [1,2,3];
var b = [1,4,3];

for (var i=0; i<b.length; i += 1){
    if(a.indexOf(b[i]) != -1){
        alert("Удаляем,"+b[i]);
    }
}

indexOf реализация для массивов и строк можно взять тут

А оптимизировать раньше времени, зло!

Скрипт с легкостью можно переписать чтобы он оставлял нужные или собирал их в отдельный массив.

Могу ошибаться, но этот вариант в IE работать не будет.

в библиотеке underscore много функций для работы с массивами http://documentcloud.github.com/underscore/#arrays
может помогут?

Проверил )))

var a = [],b = [];
for (var i=0; i<1000; i++)  {
 a[i] = i;
 b[i] = i;
}
var time = new Date();
function duplicat(b, c) {
    for (var d = [], e = {},a = 0; a < b.length; a++) e[b[a]]? e[b[a]]++:e[b[a]]=1 ;
    for (a = 0; a < c.length; a++) e[c[a]] && d.push(c[a]) && e[c[a]]--;
    return d.length == b.length && c.length == b.length
};
rez_duplicat = duplicat(a,b);
time_duplicat = new Date((new Date()).getTime()-time.getTime()).getTime();

time = new Date();
function test(arr, arr2){
	if(arr.length != arr2.length) return false
	var on = 0;
	for( var i = 0; i < arr.length; i++ ){
		for( var j = 0; j < arr2.length; j++ ){
			if(arr[i] === arr2[j]){
				on++
				break
			}
		}
	}
	return on==arr.length?true:false
}
rez_test = test(a,b);
time_test = new Date((new Date()).getTime()-time.getTime()).getTime();
alert("duplicat : " + rez_duplicat + " => time : " + time_duplicat + "\n"
 + "test : " + rez_test + " => time : " + time_test);

ну вот(( твоя быстрее.( а как она работает?

Не ошибаетесь, но дописать indexOf не очень сложно)

Livaanderiamarum,
при длине массивов 1000 ваша функция обращаеться к массивам 500 тысяч раз моя всего 2 тысячи в этом и выигрыш по времени

Я это знаю я делаю полны перебор, я спросил как работает твоя?

ой. узнаю метод пузырька!ещё в школе на информатике проходил.
но в методе пузырька даже меньше итераций, чем здесь :Р
он самый простой и самый медленный из существующих.