перехват клика по флешке
 

это возможно? Когда-то пробовал, но не получилось. Естественно, средствами js

нельзя.

а что, window mode проблему не решает? и если можно, почему?

флэш - это фактически другое приложение, соответственно ты не можешь средствами джаваскрипта перехватиывать клики по дргим приложениям...

а как вообще решается проблема подсчета количества кликов по баннеру? так чтобы баннер не корректировать?

баннер прошивается в соответствии с требование системы: на клик по кнопке вешается переход по ссылке, но ссылка ведёт не напрямую, а на сервер системы-крутилки. Система засчитывает клик и делает редирект на адрес, указанный в настройках системы.

я тоже такое придумал, но для клиентов не удобно получается
слышал, что в OpenX изменяется флешка

Я это не придумал, я описал как работают все крупные системы.