JavaScript из php файла
 

if($rgArray["user_password"][0] == $passwordfinish)
            {
                    echo "<script type='text/javascript'>alert('hdfgfjfj');</script>";
             }

Смысл такой, через js в php файл отправляется запрос, после которого в зависимоти от функции php должен выполниться какой то скрипт, пример моего кода - выше. Он не хочет срабатывать, то есть alert не вылетает, как сделать, что бы работало?

SyntaxHighlighter как бы намекает...

if ($rgArray["user_password"][0] == $passwordfinish) {
    echo "<script type='text/javascript'>alert(\"hdfgfjfj\");</script>";
}

UPD не актуально, у автора двойные кавычки были не экранированы внутри alert

UPD а у вас точно это отдается браузеру? Условие срабатывает?

А потом вы что делаете с ответом?

Условие срабатывает точно, но даже

if ($rgArray["user_password"][0] == $passwordfinish) {
    echo "<script type='text/javascript'>alert(\"hdfgfjfj\");</script>";
}

Не работает...

function inputSiteUser()
{
   	if(xmlHttp)
	{
		try
		{
			var firstvalue = document.getElementById("loginInput").value;
			var params = "email="+firstvalue+"&pass="+secondvalue;
			xmlHttp.open("GET","./ajax_php/inputUser.php?"+params, true);
			xmlHttp.onreadystatechange = handleRequestStateChange_inputSite;
			xmlHttp.send(null);
		}
		catch(e)
		{
			alert("Error connected to server.");
		}
	} 
}

function handleRequestStateChange_inputSite()
{
	myDiv = document.getElementById("tdInpurSiteError");
	if(xmlHttp.readyState == 4)
	{
		if(xmlHttp.status == 200)
		{
			response = xmlHttp.responseText;
			myDiv.innerHTML = response;
		}
	}
}

код JS, вот в tdInpurSiteError должен вернуться ответ,
в PHP очень много кода, я его сюда выкладывать не буду, потому что его очень много, но там все правильно - 100%, потому что все срабатывает, кроме alert.
Просто смысл в том, что echo "<script type='text/javascript'>alert(\"hdfgfjfj\");</script>"; не срабатывает в любом случае...

Как вы запрос отправляете JS-ом?

Конечно

зачем пихать js в блок innerHTML'ом? не проще ли сразу исполнить alert()?

А по другому никак с PHP не связать.

php:

print '<script language="javascript">alert("blahblahblah");</script>';

Не срабатывает.

Что значит не работает? вам responseText приходит какой?

что значит
то есть код этот выполняется, но сервер его не отдает чтоли? o_O посмотрите чему равна переменная response после присвоения? Почему она глобальная? Нет ли ошибок в консоли отладчика браузера? Проблему локализуйте и сразу сами поймете где ошибка.

Также мне что-то подсказывает что тут ошибка