Вывод попапа на жс поверх document.write
 

В страницу происходит запись фрейма через

<script>document.write('<iframe src="http://www.google.com" frameborder="no" scrolling="no" width="100%" height="100%">');</script>

По клику требуется вывести другое всплывающее окно поверх него. Подскажите пожалуйста как реализовать такое?

Я правильно понял, что Вы путаете понятия "плавающий фрейм" и "всплывающее окно", и если да, то откуда берётся адрес в всплывающем окне?

Да, вернее наверное будет плавающий фрейм. Адрес всплывающего окна подгружается из внешнего яваскрипта.