Сценарий в javascript
 

Как с помощью сценария в формате *.js на рабочем столе создать ярлык для запуска notepad.exe?

Никак.

Скрипты запущенные из браузера не имеют таких возможностей.
Кроме IE - там, если вы специально разрешите(браузер предупредит вас о том что это небезопасно) такие операции, то вы сможете использовать ActiveX объект для работы с файловой системой.
Для сайто такой вариант непримемлим.

Также есть такая штука как WSH и HTA - погуглите про них, может они подойдут для вашей задачи.
А вообще, стоило бы конкретезировать более подробно что вы именно хотите сделать, в каких условиях(то есть на сайте ли вы будуту запускать скрипт или через WSH), и что в итоге хотите добится

Сценарий должен запускаться двойным щелчком по файлу.
Проблему я уже решил, но всё ровно спасибо за попытку помочь.