macdack,
Canavas - это в принципе обычно MVC. Информацию о каждом фрагменте храните в переменных (или объектах) и осуществляете действия над этими переменными. А отрисовку на канвазе выполняйте в интервале с фиксированной частотой (лучше с минимальной частотой анимации).

будтобы нельзя обновлять разные участки канвы с различной частотой..

Можно, но вдруг они накладываются друг на друга

всё же мне видится небольшой код (например просто массив) к каждом из задействованных пикселов (их может быть немного)

каждый пиксел переодически просматривается и перерисовывается
переодичеки - наверное как в обычном видеофайле, например 60 раз в секунду

Я примерно так бы сделал
Для кажого фрагмента получаем растровые данные(специальный объект) из указанного прямоугольника с помощью ImageData getImageData(x,y,w,h)
Далее получаем отсюда массив-пикселей в формате rgba
Производим необходимые манипуляции и периодически выводим обратно с помощью команды putImageData(ImageData idata,x,y)
Ну и так для каждого фрагмента

60 раз в секунду - это каждые 16 миллисекунд! Даже при использовании канваза это издевательство над процессором.

ну это я так, для красново словца, вспоминая аватара 60герц ))

конечно же если будет перегруз то можно обойтись каким нибудь традиционным минимумом 20 - 30 герц

но при более высоких частотах подозреваю появятся возможности для более выразительных анимационных эффектов

опять же не стоит отбрасывать возможность 3д просмотра в очках

Если речь идет о 3d то стоит посмотреть на webgl-там скорость намного выше потому что видеокарта задействована
Но webgl не кроссбраузерный-microsoft вообще нехочет поддерживать

используйте requestAnimationFrame - исполнение функции перед reflow. есть везде, где есть канвас.