<pre> в ответе из фрейма
 

Использую http://n-professor.ru/zagruzka-fajlo...yu-jquery.html
Проблема в том что response выводится в тегах <pre></pre>
Как такое исправить?

поставить в начале сохраненного файла </pre>

Полагаю, что это именно то, что вы возвращаете с сервера.
Отсюда простой и логичный вывод: исправить серверный скрипт, чтобы он не выводил тег <pre>

Нет, проверяю Charles - ответ без pre, я не знаю от куда он берется

ну, скиньте свой минимальный рабочий код - где-то ж <pre> да берется