отрицательное значение переменной
 

выставляю правило для css для объекта с id left_side чтобы он поднялся вверх на высоту другого блока

var side_top = $('#box').css("height");
$('#left_side').css("top", (-side_top));

Я так понимаю что отрицание как то по другому задается, но как?

Может margin-top; ?
$('#left_side').css({"top": -side_top +'px'});

да, marginTop, но ваш ответ почему то сбивает плагин, из за фигурных скобок, а вот если пишу так

$('#left_side').css("marginTop", -1000 +'px');

работает а с переменной нет

Deff имел ввиду {"top": -side_top +'px'}
$('#box').css("height") вернет строку типа "125px", а не число.
Правильно будет $('#box').height() - вернет число.

imediasun1, учитесь пользоваться отладчиком браузера. Хотя бы используйте console.log( myvar );

оффтоп: стало интересно кто вам минус влепил, оказалось это был я ))

собственно еще раз

var side_top=$('#box').height();
$('#left_side').css({"top": -side_top +'px'});