потому что они наследуемы ... у каждого свойства есть свой дескриптор

в ES5 добавили возможность смотреть на них, и управлять ими

Object.getOwnPropertyDescriptor({  "foo": "bar" }, "foo");
// удобнее смотреть в консоли разработчика

ссылка на MDN

как видим, нет параметра "наследуемый", т.е. все свойства в объектах JavaScript по умолчанию публичные.

поэтому мы их видим, когда присваиваем прототипу одного объекта другой.

Потому что свойства ищутся в __proto__ , а не в prototype.
Вобще, открой консоль, накалякай там ченибудь да поизучай объекты. Я использую Chrome, там консоль как мне кажется самая удачная.