Поставил, получается так, что в стеке :

$("div").css({display:'block', opacity:'0'}).animate({opacity:'1'}, 500).delay(2000).animate({opacity:'0'}, 500).css({background:'red'});

фунции animate отрабатывают по-очереди, функции css вырываются из этой очередности - исполняются сразу. Т.е. css({background:'red'}), находящийся в самом конце, исполняется сразу после css({display:'block', opacity:'0'}). Вроде читал, что не должно быть так :( .. Проясните ситуацию ?..

это где такая ересь описана?

чтобы добавить функцию в очередь, нужно (очевидно) её добавить в очередь.

$(this).
    css({display:'block'}).
        animate({opacity:'1'}, 1000).
            delay(2000).
                animate({opacity:'0'}, 1000).
                    queue(function () {
                        $(this).css({display:'none'});
                    });

(код не тестил, есть сомнения по поводу this в callback'е)