Почему оператор new создает один и тот же экземпляр?
 

A = new Obj
B = new Obj

Почему-то А и B ссылаются на один и тот же пустой объект (с заданным прототипом). Это нормально?

Ну где же один и тот же? Это два разных объекта.

function Obj() {}
Obj.prototype.x = 'x'

A = new Obj()
B = new Obj()

alert ( A == B )

A.y = 'y'

alert ( B.y )

нормально. Это прототипное наследование http://learn.javascript.ru/prototype Методы и свойства, общие для этих объектов, как правило, хранятся в прототипе, частное (свойства, методы) в экземплярах объектов.

А, он об этом..
Ну дык в этом и смысл прототипов. Объекта два, но прототип то - один :)

Да, это я ступил, присваивал свойствам объекта одинаковые ссылки на значения и думал, что объекты одинаковые. Извиняюсь.