Прототипное наследование. Лохотрон.
 

// представьте что у вас есть некий объект:
var a = {
    w : ['a', 'h', 't', ' ', 't', 'h', 'e'],
    f : [
            {  u : 'c',
                k : '?'
            }
        ]
};

// и вам надо произвести какие-то страшные манипуляции с его данными,
// при этом не повредив его, потому что, допустим, он очень дорог вам,
// и вы любите его всей душой.

// Вы делаете потомка, с которым не страшно делать все что угодно:
var b = Object.create(a);

// и делаете свои грязные делишки:
b.w.splice(0, b.w.length);
delete b.f[0].u;
delete b.f[0].k;

// вопрос — что теперь с вашим любимым 'a' ?
alert(JSON.stringify(a, null, 4));

Я понимаю что происходит и почему, но ведь это же НЕПРАВИЛЬНО! Какое же это наследование?

да ладно, вы не единственный, кто находил недостатки в javascript, как и в любом другом языке
в том и мастерство программиста, чтобы обходить недостатки и пользоваться достоинствами
например в данном случае можно поискать библиотеку для эмуляции "классического" наследования
ну или можно найти другой язык или вообще все бросить :)

сколько библиотек ни подключи, а в JavaScript нет другого наследования кроме прототипного. В данном случае поможет только полное копирование объекта, это несколько строчек, и нет смысла ради этого что-то подключать.

И вообще, я ж не жалуюсь, я просто предупредить, может кто не знает. Такое поведение совсем не интуитивно, и я долго искал где ошбся, прежде чем понял, что ошибся, вроде как, и не я =)

Так это не бага, а фича!
Если фича не нужна, юзаем Object.freeze()

вообще то, да. Кроме того, ежу ясно, что объекты передаются по ссылке, это нормально. Делайте копию объекта и будет вам счастье :) или делайте методы для работы с этим объектом.