Система хранения сессий
 

Как нужно хранить сессии на сайте? Записывать в cookie md5 хэша пароля и ник? (да, вопрос не конкретно по javascript, но cookie записываются через него, поэтому тема здесь)

В данном случае, куки записываются с помощью сервера, а не js.

В php скрипте достаточно написать

session_start();

и будет инициализирован механизм сессий. Будет установлена кука с именем PHPSESSID и создан временный файл, имя которого совпадает со значение PHPSESSID, в нем хранятся данные в особом формате. Обратится к ним можно с помощью суперглобального массива $_SESSION