Вирус на сайте
 

На сайте регулярно появляются джаваскрипт коды, которые мешают работе сайта.
Вид такой
#0f2490#
<script>......</script>
#/0f2490#
В таких файлах как index, header, footer и страница авторизации.
Как от этой заразы можно избавиться?

Где-то видел плагин JQuery для этого, погугли.

Попробуйте сервис Вирусдай www.virusdie.ru
Он лечит подобные вещи. Пока ведется альфа-тестирование и использование бесплатно. Вирусдай - это облачный антивирус для сайтов. Он уничтожает редиректы с мобильных устройств и поисковых систем, дефейсы, шелы, бэкдоры и вредоносные коды.