for(var i=0; i < 2; i++){
        placemark[i].events.add('click', new Function("", "alert("+i+");"));
}

Десятитысячный цикл у меня перебрал без проблем. На ста тысячах на пол секунды затормозил.

Erolast, не нравится мне new Function как и еval :)
Наверное сделаю как рони писал выше.