Сделайте список замены объектом, где, что заменяем является ключом в нижнем регистре так как поиск у нас регистронезависимый

примерно так

<div id="test">
    Есть текст на странице к примеру:<br>
    Milk<br>
    cold juice<br>
    bananas<br>
    Milky Way<br>
    <br>
    Есть list.txt со списком слов замены на сервере
</div>

<script>
    var replace = {
        'milk': 'Молоко',
        'cold juice': 'Сок холодный',
        'bananas': 'Бананы',
        'milky way': 'Милки вэй'
    };
    var reg = new RegExp("(" + Object.keys(replace).sort(function (a, b) {
        return b.length - a.length;
    }).join('|') + ")", "ig");
    test.innerHTML = test.innerHTML.replace(reg, function (s) {
        return replace[s.toLowerCase()];
    });
</script>