Если не принципиально использование именно prompt, то типа:
<html>
<head>
<title>Untitled</title>
</head>
<body>
<input id="inp" />
<script>
inp=document.getElementById("inp")
inp.oninput=function(){
var all = /\d+/g, isZero=/0/g, str=inp.value
if(isZero.test(str)) alert(str.match(all).length)
}
</script>
</body>
</html>
А с prompt такое вряд ли получится, это блокирующая операция, пока юзер не разблокировал нажатием enter, скрипт не сможет читать данные со ввода, если я не ошибаюсь.