Да заеб*ло уже. Ты опять через строку читаешь?Ты же тупо забил в s константу и еще чета хочешь. Магию какую-то ждешь? Которая догадается что тебе в s нужно вставить значение инпута.

А еще там синтаксическая ошибка в 12-13 строках.

нельзя так в delphi делать, завтра на работу не выходи

<script>
var s = prompt('Nomer', '');
if (s == null) {
  alert('Проверка отменена');
} else if ((s[0]==s[1])&& (s[1]==s[2])&& (s[2]==s[3])&&(s[3]==s[4])&&(s[4]==s[5])) {
    alert('message1');
  } else if ((s[0]!=s[1])&& (s[1]!=s[2])&& (s[2]==s[3])&&(s[3]==s[4])&&(s[4]==s[5])){
   alert('message2');
  } else {
    alert('message3');
  }

</script>

Почему не сравнивает?

Может не так сравниваются символы в JS?

function sameChars(chars) {
    return Array.prototype.every.call(chars, function(element, index, array) {
        return element === array[0];
    });
}
alert( [sameChars('aaa'), sameChars('aab')] );

var re = /^(.)\1*$/;

alert( [re.test('aaa'), re.test('aab')] );

((s[0]==s[1])&& (s[1]==s[2])&& (s[2]==s[3])&&(s[3]==s[4])&&(s[4]==s[5]))

а так невозможно сравнить?

К символу строки по индексу обращаться можно. Сравнивать символы между собой можно. Все можно.

Но твой код будет работать только для строк длиной в 6 символов.

Почему так не сравнивает?

<script>
var s = prompt('Nomer', '');
if (s == null) {
  alert('Проверка отменена');
} else if ((s[0]==s[1])&& (s[1]==s[2])&& (s[2]==s[3])&&(s[3]==s[4])&&(s[4]==s[5])) {
    alert('message1');
  } else if ((s[0]!=s[1])&& (s[1]!=s[2])&& (s[2]==s[3])&&(s[3]==s[4])&&(s[4]==s[5])){
   alert('message2');
  } else {
    alert('message3');
  }
</script>