Код вставленный в iframe работает в родительском окне
 

$('#PP_iframe').contents().find('head').append('<script id="gc-ready-js" type="text/javascript">\n\
        var flagLinkColor = true;\n\
        setInterval(function(){\n\
            //console.log("sd");\n\
            if(flagLinkColor === true)\n\
            {\n\
                $(\'a\').css({border: "1px solid red"});\n\
                flagLinkColor = false;\n\
            }\n\
            else\n\
            {\n\
                $(\'a\').css({border: "1px solid green"});\n\
                flagLinkColor = true;\n\
            }\n\
        }, 1000);\n\
    </script>');

Цвет ссылок меняеться только в родительском (главном окне) в самом iframe не меняеться.
Задал вопрос потому что я в шоке... Я даже незнаю что думать, как такое вообще возможно...