Обращение идет к своему серверу.
Ядро на java, клиент на angular (1-й).
В ответе получаю строку в base64.

Тогда как лучше это все сделать. В каком формате получать ответ?

Если сервер свой, зачем же отдавать архив в base64? И почему не просто прямая ссылка на файл архива, и браузер бы открыл диалог на сохранение. А если нужно отдавать программно (запрет на скачивание по прямой ссылке), то что в Java нет таких средств?

Откуда он zip берет?

Ну так выдавай заголовки на скачивание.