FileReader - переименование файлов
 

Как переименовать файл перед загрузкой?

отправляй доп. параметром имя файла, под которым хочешь его у себя на сервере сохранить.

Так не пойдет)

А по иному и не получится, если только не использовать FormData (хотя имя этим тоже вряд ли получится). Вообще же, именовать файлы для сохранения должен сервер для того, чтобы избежать конфликтов. Отдавать же клиенту их можно и под именами, которые определяет клиент.

Проблема ЭЦП. В итоге походу буду сразу предлагать имя файла, и пока клиент не переименует не буду загружать)

Зачем? Именование файла на сервере во многом определяется его местом хранения и связями его, при этом имя для хранения и как реально назвал файл владелец не обязательно должны совпадать.

После подписания файла ЭЦП его переименовывать нельзя. Файлы могут не пройти проверку. А парой присылают такие названия "Документ который согласовала Наташа 22 февраля в компании Глобал кадиус, который переделывала потом Настя.doc"
Происходит такая ситуация когда я его сохраняю на серваке и потом отдаю ссылку. Часть названия отсекается. В итоге следующий качает файл без половины названия, а главное без расширения. Соотвественно не может открыть его.

В среде Windows в имени файлов запрещены символы <>:/\|?*, точка и пробел в конце, а также имя не должно быть зарезервированным в системе именем. Максимальная длина файла с учетом пути к нему может быть равна 260 символам.

То есть, это и есть условия проверки. А в остальном - чтобы имя не обрезалось в URL, его кодируют. Если файл отдается скриптом, то тоже нет проблем с этим.