<textarea id="k" name=""  rows="12"  cols="45">кеуцкеsadfasdf
куецукеsdfsadf
еуцкецукеfasdf
 // Какое-то писание команды
ComandLine 12 34 56 789;
кfadsasdfуцецуке
 цasdfasdfукеуцке
// Описание другой команды !"№;%:?*()
 // которое уместилось в 2 строки
ComandLine



123456;
 dfgdf";:? ((hg98d f3hjгрва89 384
 usgdfjsb532 354 23j
 ComandLine


 33;
 54 dfg dsfg 6hdfgh
</textarea>
 <script>

var line = "45346", reg = /^\s*(\/\/[\S\s]*?$|ComandLine[\S\s]*?;)/gm;

k.value = k.value.match(reg).join("\n")||k.value

</script>