<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1/jquery.min.js"></script>
<div id="a">
    <a href="a">aaa</a>
    <div id="b">
        <a href="b"><input type="checkbox" /></a>
    </div>
</div>

<script>
$('#a a').click(function(e) {
    alert(1) //и будет переход
});
 
$('#b a').click(function(e) {
    alert(2) //будет переход после вывода обеих сообщений
})
</script>

Может не мне стоит пробовать?

Сейчас в хроме сижу. Нету переходов, даже если поставить нормальный href, то тоже не будет переходов. Первая ссылка понятно что рабочая, а вторая нет.

Если уточнить, то я про ссылки, в которых содержатся input-ы говорю. Не знаю в чем проблема, но может из-за того, что это слишком абстрактно получается и в теги "a", наверное, нельзя добавлять никаких тегов, иначе косяки будут, разве что оборачивать сам тег "a", но не наоборот. Да и вообще, если посмотреть на проблему, то реальных примеров пока не видел. Ну когда в элемент, который на событии click имеет действие браузера по умолчанию добавляют еще один такой-же элемент (тоже имеющий действие браузера по умолчанию при схожем событии). Может и не стоит на эту тему заморачиваться...

Если об этом речь, то да - убрать флажок и переход будет обязательно. А отправит с флажком, например, Лиса, даже последняя наверное отправит.