Не совсем понял что значит не сохраняет?

<script> 
s = "";
s+= "A = {} -------------------------> "+ eval("A = {}")  +"<br>";
s+= "A.__proto__.test = AAA ------> "+ eval('A.__proto__.test = "AAA"')  +"<br>";
s+= "B = {} -------------------------> "+ eval("B = {}")+"<br>";
s+= "B.test --------------------------> "+eval("B.test")+"<br>";
s+= "B.test = 321 -------------------> "+eval("B.test = 321")  +"<br>";
s+= "B.__proto__.test --------------> "+ eval("B.__proto__.test")  +"<br>";
s+= "B.__proto__.test = BBB ------> "+ eval("B.__proto__.test = 'BBB'")  +"<br>";
s+= "A.__proto__.test --------------> "+ eval("A.__proto__.test")  +"<br>";
s+= "A.test ---------------------------> "+ eval("A.test")  +"<br>";
s+= "B.test ---------------------------> "+ eval("B.test")  +"<br>";


document.write(s)

</script>

Совсем непонятно зачем это нужно. Если хочешь отловить обращение к несуществующим свойствам смотри в с торону https://learn.javascript.ru/proxy

375291601334,
Прототипное наследование - прототипное. При обращении к свойству объекта - оное ищется сначала в самом объекте, потом в прототипе родителя, потом в прототипе родителя родителя итд. И устанавливается свойство по умолчанию тоже прямо в текущий объект. Всё очень просто и прямо. Надо изменить свойство в родителе - вот в прямо прототипе родителя его и изменяй.)
Ну или можно воспользоваться кривой современной реализацией классов и словом "super".

Ещё в качестве костыля - можно это твоё propertyName сделать геттером/сеттером и, соответственно, уже там менять нужное значение.

Aetae,
спасибо) про геттер/сеттер крутая мысль, надо попробовать

Aetae,
Вот таким образом все получилось:

const createNotEnumerableProperty = () => {
Object.defineProperty(Object.prototype, propertyName, {
get: function() { return result; },
set: function(value) { result = value;    },
  enumerable: true,
  configurable: true                       });
return propertyName;
};

Спасибо всем огромное!