2. Но func1 только один раз.

fedushok,

alert("func1(100,900) func2(c,100,900)".replace(/func1\((\d+,\d+)([\S\s]+)\1/g, "func1(x,y$2x,y"));

Можно комментарий как это работает

fedushok,
нашли первые скобки (\d+,\d+)
смотрим есть ли далее повторение этих скобок\1
меняем
ключ g не нужен

а что значит "$2" в строке второго аргумента?

fedushok,
всё что между одинаковыми частями, вторые скобки ([\S\s]+)
) func2(c,

https://learn.javascript.ru/regular-...ons-javascript вот тут все отлично расписано по регексам.