видимо вы невнимательно читали пост про эти часы, часы и так отстают(ждут ответ с сервера), а если убрать и секунды то отставать будут ещё больше, секунды не выводятся, но участвуют в начале старта.

можно слегка оптимизировать
заменив

a.innerHTML = e[b]

на

if(a.innerHTML != e[b]) a.innerHTML = e[b]

рони,
разобрался - с учетом того что это шорткод окончание кода будет таким

var span = document.querySelector(".time");
TIMELITE
." fn(span, '". (date("G")+3).":".date("i") .":".date("s") ."');
        </script>
";

а это на что повлияло?

if(a.innerHTML != e[b]) a.innerHTML = e[b]

вместо перезаписи 3 элементов 60 раз в секунду, в лучшем(98% условно) случае будет перезаписыватся 1 элемент в 1 секунду, в "худшем"(2%) 3 элемента 1 секунду

рони,
а здесь у вас вообще не было анимации для перезаписи?

function moscowTime() {
	var d = new Date();
	d.setHours( d.getHours() + 3, d.getMinutes() + d.getTimezoneOffset()  );
    var reg = d.getSeconds()%2;
    var time = d.toTimeString().substring(0,5)
    reg && (time = time.replace(':',' '))
    return time;
}

onload = function () {

  setInterval(function () {
    document.getElementById("txt").innerHTML = moscowTime();
  }, 100);
}

не понимаю что такое анимация в ваших вопросах , но перезапись(вывод значения часов) 10 раз в секунду, строка 14, 100 можно увеличить до 1000 и тогда вывод будет раз в секунду.

рони, просто в первом случае у вас был setInterval, а во втором requestAnimationFrame.

jurvrn,
requestAnimationFrame оба метода имеют плюсы и минусы.

рони,
Мне больше важно меньше нагрузка на сайт, на браузер. И точность, чтобы не было зависаний. Какой тогда лучше?

jurvrn,
setInterval может затормозить на неактивной вкладке, а потом "выстрелить" очередью без промежутков, всё зависит от мощности компа и браузера, может пройти незаметно.
на данном этапе можно считать оба метода одинаковы, но если есть возможность отказаться от setInterval, то лучше его не использовать, от слова совсем.

jurvrn,
почитайте внимательно всю статью и выводы внизу settimeout-setinterval