Как инвертировать байты? 100 => 011
 

Ожидание:

let inverted_number =  ~4; // 3

Реальность:

let inverted_number =  ~4; alert(inverted_number); //-5

Как привести реальность к ожиданиям?

В JS инверсия байтов работает не так... :nono:
https://learn.javascript.ru/bitwise-operators

00000000000000000000000000000100

инвертируется в

11111111111111111111111111111011

Как вариант...

let val = 4
val = val.toString(2).replace(/1|0/g, _ => !+_ ? 1 : 0 )
alert(val)

function inv(n) {
    let p = 1;
    while (p <= n) p *= 2;
    return ~n & (p - 1);
}

alert(inv(4));

работает только для натуральных чисел