дублируемые зависимости
 

Использую в своем проекте модуль colors и модуль node-static
в модуле node-static так же присутствует экземпляр модуля color, т.е. у меня в папке проекта их два.

Можно ли как-то указать npm чтобы он следил за зависимостями и лишних копий не делал?

npm dedupe, сработает если одинаковые версии модулей.