Про collection.count()
 

Когда прописываю в консоли mongo это, то вижу нормальное число, а когда в коде сервера

var numberLines = db.collection("users").find().count();
console.log(numberLines);

То выдает Promise ( {pending} )

Почему так? Как получить в коде сервака это число?

Потому, что действия в консоли выполняются синхронно и в ней можно позволить запросу заблочить поток, а node.js это асинхронная среда, в ней такое не желательно, по этому объект запроса в твоём случае возвращает Обещание

Кстати, ты используешь нативный драйвер для монго? На сколько я помню, он принимал коллбэк, а не возвращал Обещание.

Можешь навести простенький пример, как это правильно делать?

Начиная с (по-моему) второй версии драйвера можно callback не указывать, тогда возвращается promise