удалите запись с /etc/hosts
посмотрите другие конфиги, чтобы с www не был дефолтным
в папке с nginx
grep -irl ' www.funprograms.ru'

Poznakomlus, спасибо Вам огромное за помощь!

Если с /etc/hosts удалить все, то страничка вообще не загружается
Было в /etc/hosts:

127.0.0.1	localhost

# The following lines are desirable for IPv6 capable hosts
::1     localhost ip6-localhost ip6-loopback
ff02::1 ip6-allnodes
ff02::2 ip6-allrouters

Сейчас я закомментировал все кроме 127.0.0.1 localhost
Удалил default файл nginx и его ссылку в :
/etc/nginx/sites-available
/etc/nginx/sites-enabled

До этого по команде grep -irl ' www.funprograms.ru'
в /etc/nginx/ отображал только sites-available/funprograms.ru и
sites-available/funprograms_.ru
Удалил sites-available/funprograms_.ru
После всего этого при запуске с транички www.funprograms.ru ничего нету и переадресации на https://funprograms.ru нет.
по https://funprograms.ru и funprograms.ru как и было- хорошо

все не надо удалять конечно. нужно было удалить если встречается запись
попробуйте
server {
listen 80;
server_name funprograms.ru www.funprograms.ru;
rewrite ^ https://$host$request_uri? permanent;
}

server {
server_name funprograms.ru www.funprograms.ru;
index index.html;
access_log /var/log/nginx/funprograms.ru.access.log;
error_log /var/log/nginx/funprograms.ru.error.log error;
listen 443 ssl; # managed by Certbot
ssl_certificate /etc/letsencrypt/live/funprograms.ru/fullchain.pem; # managed by Certbot
ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/funprograms.ru/privkey.pem; # managed by Certbot
include /etc/letsencrypt/options-ssl-nginx.conf; # managed by Certbot
ssl_dhparam /etc/letsencrypt/ssl-dhparams.pem; # managed by Certbot
add_header Strict-Transport-Security "max-age=31536000" always; # managed by Certbot
ssl_stapling on; # managed by Certbot
ssl_stapling_verify on; # managed by Certbot

location / {
client_max_body_size 100m;
client_body_timeout 600s;
client_body_in_file_only clean;
client_body_buffer_size 16K;
proxy_connect_timeout 70;
proxy_send_timeout 90;
proxy_read_timeout 90;
proxy_redirect off;
proxy_set_header host $host;
proxy_set_header X-real-ip $remote_addr;
proxy_set_header X-forward-for $proxy_add_x_forwarded_for;
proxy_pass http://localhost:5000;
}
}
смотрите файлы логов в /var/log/nginx
и сертификат придется сгенерировать еше раз для сервера с www и без
dehydrated -c -d funprograms.ru -d www.funprograms.ru

Poznakomlus,
Большое при большое спасибо Вам!
Я перезаписал этот файл. В итоге заработало при запросе :
www.funprograms.ru перенаправляет на https://www.funprograms.ru/
При funprograms.ru на https://funprograms.ru/

Но я не генерировал нового сертификата и все работает. Он слетит спустя время наверное, если не сделаю dehydrated -c -d funprograms.ru -d www.funprograms.ru
?

sudo su
crontab -e
0 0 1 * * /usr/bin/dehydrated -c
повесьте на крон
проверьте только полный путь к dehydrated
which dehydrated

Poznakomlus,Спасибо!!!

Я устанавливал SSl по мануалу: https://www.ssllabs.com/ssltest/
в файле /etc/cron.d/certbot:
# /etc/cron.d/certbot: crontab entries for the certbot package
#
# Upstream recommends attempting renewal twice a day
#
# Eventually, this will be an opportunity to validate certificates
# haven't been revoked, etc. Renewal will only occur if expiration
# is within 30 days.
#
# Important Note! This cronjob will NOT be executed if you are
# running systemd as your init system. If you are running systemd,
# the cronjob.timer function takes precedence over this cronjob. For
# more details, see the systemd.timer manpage, or use systemctl show
# certbot.timer.
SHELL=/bin/sh
PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin

0 */12 * * * root test -x /usr/bin/certbot -a \! -d /run/systemd/system && perl -e 'sleep int(rand(43200))' && certbot -q renew

При проверки сертификата по: https://www.ssllabs.com/ssltest/
Изначально выдавало A статус, теперь B. Наверное из-за открытых незащищенных портов или еще чего то.
Проверка обновления сертификата:
sudo certbot renew --dry-run


В лог файле в итоге : /var/log/letsencrypt/
2020-02-15 09:37:42,879:DEBUG:certbot.renewal:no renewal failures.
Значит все хорошо.