Project Settings -> JavaScript Libraries -> Usage Scope
должно помочь.

Их отключить нельзя :)

В Usage Scope если справа от директории кликнуть, в выпадашке можно галочки снять.

Вот, 10.5.4

зы: У меня одного вложения не отображаются никак? Если что, вот:

Убрал часть, а итоге остались только операторы :D
Порадовало, что можно задать настройки для каждого файла.

Теперь осталось как-то убрать лишний "шум" из глобального пространства имен.
Дело в том, что у меня есть проекты в которых десятки файлов, но большая часть из них в повседневной работе не нужны, а автокомплит их API тоже подтягивает.
Для этого случая ничего не предусмотрено?

Directories?

Для чего эта настройка (Test, Exclude, Resource)? Сами файлы останутся в проекте?

Test не знаю, Exclude видимо то, что тебе надо, Resource -- говорит шторму, что это корень сайта.

Еще есть Scopes, случайно не знаешь что это?

Неа.