Почему prototype-based ООП непопулярно?
 

Вот из этой вот вики

http://c2.com/cgi/wiki?PrototypeBasedProgramming

следует, что прототипные ЯП гораздо мощней класс-ориентированных, даже таких монстров, как Смоллток и Руби. Однако, всплеска популярности prototipe-based - языков пока не наблюдается, да и не наблюдалось никогда. Даже в JS, в новый стандарт, зачем то засунули классы. В чем причина непопулярности этой парадигмы?

В твоём вопросе почти весь ответ.
Код нечитабельный, вот и непопулярный. Такое лучше скрывать под капот, вот и скрыли: