Обмен данными с windows приложением
 

На windows-клиенте резидентно запущена моя exe/dll прога.
Как организовать с ней обмен данными через мой javascript код на моем сайте, который открыл этот клиент?

через браузер создай вебсокет соединение с локалхостом, ну и в своей проге сокеты реализуй.
остальное в гугле найдешь назывется WebSockets

Как думаешь потянет такой способ передавать гигабайт в секунду? По сути же обмен на локальной машине происходит. Хорошо бы вообще не передавать данные, а иметь общий буфер в памяти, но это наверное невозможно. Мне как то надо организовать максимально возможную скорость обмена данными между javascript и программой windows.

Легко, система легко определяет loopback соеденения даже копировать буфер в памяти не будет просто одному процессу буфер будет доступен на запись а другому на чтение.
Хотя какой-нибудь касперский может наложить в стек сетевых драйверов и все станет очень печально.

Отлично. Спасибо! Надо будет потестировать.