ну а что поделать... я так и делаю, просто перебираю все свойства нужные. То есть для прототипной модели это вполне норм, ибо в любом случае нужно перебирать что бы навесить всем элементам их.

devote, получается, что при каждом вызове dataset нужно перебирать всё и сравнивать с атрибутами. Ах, да, еще одна проблема:

var dataset = el.dataset;
dataset.a = 1; // ← не сработает

------
Можно ли как-то известные свойства объекта коммента сделать «невидимыми» для for in в IE8?

Смотря у кого стоит событие, у объекта el или у объекта dataset
Для некоторых можно но не для всех. Просто вызвать defineProperty с указанием enumerable: false

Вот именно, если dataset — html нода или коммент, в нем, очевидно, будут лишние свойства.

FINoM, в IE8 есть же геттеры/сеттеры, какой профит от ноды?

профит в том что он хочет реализовать dataset, но тут обычные геттеры/сеттеры совсем не подойдут, даже в ИЕ9-10 и других браузерах. Потому как нужны магические геттеры/сеттеры которые ловить будут появление новых свойств.

Подробнее можно? Там есть Object.defineProperty, но он работает только с элементами DOM.

Угу, типа propertychange.

hasOwnProperty ещё никто не отменял

Во первых с DOM элементами оно не работает (IE8), во вторых эти элементы «имеют собственные свойства», которые попадают в for..in (Chrome).
Не работает http://jsfiddle.net/QGdqq/1/ (См. IE8)