я код посмотрел и мне почему то кажется что там какая-то хуйня, километровая портянка

Функции в js выполняются целым куском. Если clearTieout() чудесным образом попадёт на время выполнения функции(точность в пару мс), то он всё равно не будет выполнен, а будет помещён в стек, и сработает сразу после исполнения функции. Не надо усложнять.

Я тоже посмотрел(не вникая), и с виду всё ня. Перемененные названы нормально, код аккуратно форматирован, нативный js. Ни в какое сравнение с jquery-говномесивом которое обычно тут постят.

Про километровую портянку вообще не понял. Вы привыкли писать код не больше 10 строк? Ну это какбэ ничего хорошего о вас не говорит.
Или, бы может, вы угарели по ООП? Так, внезапно, существует функциональное программирование. И для начинающего оно очевидно лучший выбор.

А вы сами попробуйте написать генератор раскладов судоку, да такой чтобы еще и проверял решаемость оных. Интересно посмотреть на сколько у вас кратко получится.
Для особо одаренных выделила в отдельный файл только табло с таймером, где и скрыта проблема, хотя я считаю, что знающий человек и в "километровой портянке" дырку найдет, а не знающий будет придираться к длине.

Спасибо, приятно.