Тоже заметил изменение скорости не решает проблему воспроизведения..
Скорость должна быть одинаковой для всех мелодий.
И это верно, все мелодии играются на одной скорости в любом плеере. Есть лишь настройка, меняющая скорость (быстрее-медленнее), но это для поиграться сделано, а не для всех мелодий по умолчанию.

Если эхо каждой ноты идет как часть времени мелодии, то мелодия увеличивается на эти эхо-интервалы.Решить проблему со скоростью можно выкинув эти эхо-интервалы из общей продолжительности мелодии. или, еще вариант ,поделить уже существующие паузы на много частей. Например в интервале от 0.1сек - до 1сек.

Без эха будет чуть поскучнее звучание. Вообще я хочу сделать на сайте панель настроек, чтобы пользователь мог сам делать все настройки, в том числе и наличие эха, так же количество раз повторения.
Кроме этого я разработал другой алгоритм - музыка может играть беспрерывно и особо не грузить систему, (в реальном времени) таким образом можно воспроизводить мелодию любой длины, и она начинает играть почти сразу после нажатия на кнопку. Скоро представлю. Правда,пока будет без скачивания.

Прикольно. А на чем backend написан, если не секрет?

Web Audio API не применялось, если Вы об этом.

Могу сообщить, что сервис начал поддерживать скачивание результата в аудиоформате МП3 кроме браузера Опера. К тому же, я выполнил рекомендацию join, и теперь обработка запросов (буфферизация звучания нот) происходит на сервере на PHP, а в клиентской части ноты склеиваются в одну мелодию.

Слишком долго воспроизводит

Скорее всего это из-за того, что серверная часть работает на половину в фоновом режиме. Это я так сделал из-за того, что когда я испытывал на домашнем сервере, это вызывало стопроцентную загрузку процессора, а если так же будет грузить удалённый сервер, то мне могут приостановить бесплатный аккаунт.