скачать файл с сервера
 

Допустим есть ссылка <a href="file.php">ссылка</a>
Вопрос: как сделать, чтобы по ссылке файл file.php скачался на комп?

location.href = 'file.php'. Скачается ли файл или откроется в браузере - зависит от заголовка Content-Disposition, который выставит сервер.

А если сервер не выставит, то как поменять? header?

На php:

header('Content-Disposition: attachment');

Или можно для определенных типов файлов прописать правила в .htaccess