$file=file("test.txt");
    $str=$file[0];
    $array=explode(",",$str);
	$value=1;
    if(($key = array_search($value,$array)) !== FALSE){
     unset($array[$key]);
     }
    $first_array = array_count_values($array);
    $second_array = array_diff($first_array, [$value]);
    var_dump($second_array);

$array = explode(",", $file[0]);

<?php
    $haystack=array('123456','123789','124987','321654');
    $needle='123';
    $result=array();
    
    $charset='UTF-8';
    $needle_length=mb_strlen($needle,$charset);
    foreach($haystack as $string){
        if(mb_substr($string,0,$needle_length,$charset)==$needle)
            $result[]=$string;
    }
    
    var_dump($result);
    exit;

<?php

	function func(array $words,$length){
		$ch='UTF-8';
		$results=array();
		foreach($words as $string){
			if(mb_strlen($string,$ch)<$length) 
				continue;
			
			$str=mb_substr($string,0,$length,$ch);
			if(!isset($results[$str]))
				$results[$str]=array();
				
			$results[$str][]=$string;
		};
		
		return (array_map(function($vals){
			return array_unique($vals);
		},array_filter($results,function($vals){
			return count($vals)>1;
		})));
	};

	$string='Lorem Ipsum - это текст-"рыба", часто используемый в печати и вэб-дизайне. Lorem Ipsum является стандартной "рыбой" для текстов на латинице с начала XVI века. В то время некий безымянный печатник создал большую коллекцию размеров и форм шрифтов, используя Lorem Ipsum для распечатки образцов. Lorem Ipsum не только успешно пережил без заметных изменений пять веков, но и перешагнул в электронный дизайн. Его популяризации в новое время послужили публикация листов Letraset с образцами Lorem Ipsum в 60-х годах и, в более недавнее время, программы электронной вёрстки типа Aldus PageMaker, в шаблонах которых используется Lorem Ipsum.';
	
	$string=preg_replace('#\W+?#uim',',',mb_strtolower($string,'UTF-8'));
	$string=array_filter(explode(',',$string));
	var_dump(func($string,5));
	exit;

<?php

	function func(array $words,$length){
		$results=array();
		foreach($words as $string){
			if(strlen($string)<$length) 
				continue;
			
			$str=substr($string,0,$length);
			if(!isset($results[$str]))
				$results[$str]=array();
				
			$results[$str][]=$string;
		};
		
		return (array_map(function($vals){
			return array_unique($vals);
		},array_filter($results,function($vals){
			return count($vals)>1;
		})));
	};

	$string='Lorem Ipsum - это текст-"рыба", часто используемый в печати и вэб-дизайне. Lorem Ipsum является стандартной "рыбой" для текстов на латинице с начала XVI века. В то время некий безымянный печатник создал большую коллекцию размеров и форм шрифтов, используя Lorem Ipsum для распечатки образцов. Lorem Ipsum не только успешно пережил без заметных изменений пять веков, но и перешагнул в электронный дизайн. Его популяризации в новое время послужили публикация листов Letraset с образцами Lorem Ipsum в 60-х годах и, в более недавнее время, программы электронной вёрстки типа Aldus PageMaker, в шаблонах которых используется Lorem Ipsum.';
	
	$string=preg_replace('#\W+?#uim',',',strtolower($string));
	$string=array_filter(explode(',',$string));
	var_dump(func($string,5));
	exit;

<?php
	header('Content-Type: text/html; charset=utf-8');
	ini_set('memory_limit','512M');
	
	function func(array $words,$length){
		if(count($words)%2==1)
			$words[]='';
		
		$words=array_values($words);
		$results=array();
		for($i=0,$j=count($words)-1;$i<$j;$i++,$j--){
			foreach(array($i,$j) as $key)
				if(strlen($words[$key])>=$length){
					$str=substr($words[$key],0,$length);
					$results[$str][]=$words[$key];
				};
		};
		
		return array_map(function($vals){
            return array_unique($vals);
        },array_filter($results,function($vals){
            return count($vals)>1;
        }));

	};

	$array=array();
	$i=1000000;
	while($i--)
		$array[]=mt_rand(0,mt_getrandmax());
		
	$start=microtime(true);
	$res=func($array,3);
	echo 'Найдено ',count($res),' результатов за ',number_format(microtime(true)-$start,3,'.',' '),' сек.';
	exit;

$a = [
    1234576,
    2456901,
    1234598,
    2456776,
    2456993,
    1234567,
    1234555,
    3245089
];

$len = 4;

for($i = 0, $j = count($a)-1, $k = ceil(count($a)/2); $i < $k; $i++, $j--) {
    $group[substr($a[$i], 0, $len)][] = $a[$i];
    $group[substr($a[$j], 0, $len)][] = $a[$j];  
}

print_r($group);

print_r(array_values($group));

$a = [
    1234579,
    2456901,
    1234598,
    2456776,
    2456993,
    1234567,
    1234555,
    3245089,
    1234778
];
 
$len = 4;

if(count($a) & 1) array_push($a, null); //дополнить массив до четного
 
for($i = 0, $j = count($a)-1, $k = count($a)/2; $i < $k; $i++, $j--) {
    $group[substr($a[$i], 0, $len)][] = $a[$i];
    if($a[$j]) $group[substr($a[$j], 0, $len)][] = $a[$j]; 
}
 
print_r($group);
 
print_r(array_values($group));