Так как вы предлагаете, я делал (см. ниже). При нажатие на кнопку "Удалить 2.", происходит очистка 
всего массива $_FILES. 
 
 
Скрипт пробывал в браузере Opere и в браузере Midori.
Уважаемые.  Предложите еще варианты.
<?php
echo '<form method="post" name="myform" enctype="multipart/form-data" action="http://127.0.0.1/qwerty.php">';
echo '<input type="text" name="title" size="64" value="У меня опять бублик" maxlength="100">';
echo '<br>';
echo '<br>';
echo '<div>';
echo '<input type="file" size="75" name="file[]">';
echo '<a href=#" onclick="cl(this)">';
echo 'Удалить 1.' . '<br>';
echo '<a>';
echo '</div>';
echo '<div>';
echo '<input type="file" size="75" name="file[]">';
echo '<a href="#" onclick="cl(this)">';
echo 'Удалить 2.' . '<br>';
echo '<a>';
echo '</div>';
echo '<div>';
echo '<input type="file" size="75" name="file[]">';
echo '<a href="#" onclick="cl(this)">';
echo 'Удалить 3.' . '<br>';
echo '<a>';
echo '</div>';
echo '<br>';
echo '<input type="submit" value="Отправить" name="submit_form" />';
echo '</form>';
//
// JavaScript.
//
echo '<script>
	function cl(elem)
	{
	var prevElem = elem.previousElementSibling;
	var newElem = document.createElement(\'input\');
	newElem.type = \'file\';
	elem.parentNode.replaceChild(newElem, prevElem);
	}
</script>';
?>
П.C.
Если кому интересно смотрим (как делал я): Вставка нескольких изображений js+php.
Только там нет возможности очистить файл (удалить файл) .
http://forum.php.su/topic.php?forum=60&topic=6879